大家都知道高中侦探工藤新一？就是那个被称为“平成的福尔摩斯”的家伙。他破案简直厉害得不得了，什么难题到他那都不是事情。但别看他现在这么风光，以前可是遇到了大麻烦！有一回，他被坏人喂了一种叫APTX4869的毒药，结果就变成了小学生。为了不暴露自己，他只好假装是毛利小五郎的助手，也就是毛利兰的同学柯南。

新一的变小与化名

新一变成小孩之后，麻烦可大了去了。他得适应新身体，还得防备黑衣人的追杀。为了查清这帮神秘人，于是他就假扮成了“江户川柯南”。这名字可是他从自己喜欢的两位推理小说家：江户川乱步和柯南·道尔那儿偷来的。柯南这名儿既能让他继续当侦探，又能借毛利小五郎的“沉睡的小五郎”推理秀，偷偷破案。

寄住在毛利侦探事务所

住进毛利侦探所后，对柯南来说既有好处也有麻烦。毛利小五郎虽然口气大，但破案不行，这让柯南可以借用他的名头去办案。不过，这也让柯南得时刻小心，别露出真面目。毛利兰，新一的老朋友，开始怀疑柯南的身份，但每次都被柯南巧妙地避开了。

黑衣组织的阴影

那个黑衣组织对柯南来说可是大麻烦，它钱多得是，资源也多，组织又严密还挺狠辣。柯南为了把这组织扯下马，什么都豁出去了，他四处找线索，有时候还得跟他们正面较量。每次都是玩命，可柯南不怕。他明白，只要搞定这个组织，他就能变回大人，过上正常日子。

少年侦探团的助力

在柯南的身边，就是个小侦探团队。这些小孩子虽然不大，但是好奇心重，又讲义气。柯南跟他们一起破案子，教他们猜谜，他们也特别信赖他。大家一块儿经历了好多冒险，感情越来越深。

与宫野志保的相遇

宫野志保，原本在黑衣组织干活，后来叛变了，还吃了个神秘药丸导致身体变小了。现在她改名叫灰原哀，和阿笠博士住在一起，还成了少年侦探团的一员。柯南和灰原哀的相遇，就像是命中注定的，对他们俩对抗黑衣组织都很有帮助。灰原哀知道很多组织的事，给柯南提供了不少有用的信息。

毛利兰的疑惑与等待

小兰是柯南心里最柔软的地方。她非常关心新一，不明白他去哪儿了，一直在找他。柯南虽然不能说实话，但是他默默地保护着小兰，不让她受伤害。小兰的等待和坚持，让柯南更有决心打败黑衣组织。他知道，只有这样，他才能再次面对小兰，把所有事情都告诉她。

黑衣组织的追击

黑衣组织发现了柯南的真实身份，开始抓他。他们可不是好惹的，每回逃脱都惊心动魄。但柯南不怕，他聪明勇敢，每次都能巧妙躲过危险。他还用各种办法，逐渐揭示出黑衣组织的真相，为最后的大决战做足了准备。

最终的决战

打了好多次硬仗后，柯南终于找到了打败黑衣组织的关键。他把小伙伴们都拉过来，打算跟黑衣人来个最后的了断。这场战争不只是关乎柯南自己的生死，也牵扯着好多无辜的性命！他清楚，他输不起，只能拼命了，得把那个混蛋组织给消灭干净。

回归与新生

最后的大对决中，柯南聪明勇敢地打败了黑衣老大，变回了他自己。然后他跑去告诉小兰所有事情。小兰等啊等，终于盼来了柯南回归。两个人紧紧抱住对方，感受到曾经的坎坷让两个人的感情更牢固了。

新的开始

熬过这些难关，新一跟小兰都成熟不少。他们心里明白，以后还会碰上更多难题。可他们，都已经整装待发了。新一继续他的侦探工作，而小兰就在后面默默支持他。他们的故事，还没完没了，他们的冒险，也永远不会停下来。

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